Papierboer
De watermolen is in 1622 gebouwd aan de Loenense beek als papiermolen en die functie heeft de Middelste Molen altijd behouden. Een papiermolen op de Veluwe was meestal een onderdeel van een boerderij, een ‘papierboer’ runde het bedrijf, naast de molen waren er enkele koeien en akkertjes om in het levensonderhoud te voorzien.

Papiermachine
De 17e en 18e eeuw waren gouden tijden voor de papierindustrie op de Veluwe, maar in de 19e eeuw zakte de industrie in, stoommachines konden goedkoper produceren. De meeste papiermolens werden omgebouwd tot wasserijen, maar de Middelste Molen ging met de tijd mee, na een brand in 1886 werd in 1887 geïnvesteerd in een papiermachine. Het scheppen van het papier met de hand was daarmee verleden tijd, een rondlopende zeef, een langzeef, verving dit handwerk.

Stoommachine
Een andere belangrijke innovatie was de stoommachine die in 1895 geplaatst werd. De aandrijving van de papiermolen was niet langer afhankelijk van de watertoevoer in de beek. Bij droogte in de zomer en vorst in de winter lag voordien de molen stil. Niet veel later werd nog een stoom-droogcilinder geïnstalleerd en dat maakte de droogzolder overbodig. De bedrijven die overgingen van handwerk op machinaal produceren, groeiden uit tot de plaatselijke grote papierfabrieken te Apeldoorn en Loenen.

Papierindustrie
In 1969 stopte de commerciële productie en de fabriek de Middelste Molen raakte al snel in verval. De Nederlandse Papierindustrie zag een monument uit het verleden teloor gaan en stelde eind jaren tachtig geld beschikbaar om de laatste authentieke Veluwse papierfabriek van de ondergang te redden. Vanaf 1991 wordt weer papier geproduceerd. Verschillende restauraties zijn in de loop der jaren nog gerealiseerd, met de laatste in 2005 is de hoge schoorsteen van de cokes-oven herbouwd.
In 1989 besluiten de papierfabrieken in de regio de historische fabriek gezamenlijk aan te kopen en het bedrijfje wordt ondergebracht in de Stichting Middelste Molen. De Middelste Molen maakt nu kunstenaarspapier uit de grondstoffen katoen, linnen, hennep en cellulose van naaldhout.
De watertoevoer is een steeds groter probleem geworden. Het daadwerkelijk werken met  het waterrad gebeurde voor het laatst in 1998. Elk onderdeel van de watermolen kan nog werken op waterkracht, maar het waterrad kan niet meer dan één onderdeel tegelijk van enegie voorzien.